Munarman sendiri dicalonkan LBH Cabang Palembang, Banda Aceh, dan Lampung. Sementara Daniel dicalonkan LBH Semarang dan Jakarta. Munarman dilantik pada bulan berikutnya dan berjanji akan menyatukan anggota-anggota yayasan sebagai langkah pertamanya. Dia pun resmi menyandang jabatan ketua YLBHI setelah dilantik pada Oktober 2002.
Empat tahun berselang, Munarman dicopot dari posisinya sebagai ketua YLBHI. Alasannya, pemikiran dan sikap Munarman dianggap radikal. Dia disebut menolak Pancasila, UUD 1945, Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) sebagai sistem demokrasi, juga keterlibatannya dengan Hizbut Tahir Indonesia (HTI).
Salah satu yang mendukung penilaian radikal itu adalah pernyataannya di atas spanduk yang dipampang dengan wajahnya di Cilandak, Jakarta Selatan. Spanduk itu berbunyi: "Munarman: Sistem Khilafah Menjadi Jawaban Atas Seluruh Problematika Yang Saat Ini Muncul. Saatnya Khilafah Memimpin Dunia."
Kepada media saat itu, Munarman menolak disebut sebagai Pemimpin Hizbut Tahir atau masuk dalam struktur organisasi. Dia menyebut hanya "berkawan". Bahkan dia menyebut sumbangan dana Tomy Winata terkait dengan pemecahannya.
Pada wawancaranya dengan Eramuslim.com, Juni 2006, Munarman menuding Amerika Serikat dan sekutunya menggunakan LSM untuk membubarkan FPI, MMI dan HTI. Munarman menyatakan jargon "kebhinnekaan", "Pancasila", "pluralisme" adalah alat yang digunakan untuk target tersebut. Karena itu, dia meminta umat Islam harus bersatu merapatkan barisan mempersiapkan diri menghadapi ancaman-ancaman dari kelompok sekuler.
Editor : Berli Zulkanedi
Artikel Terkait